本計畫同時進行蘆洲灘地及五股灘地的鳥類監測，結合2014年開始累積的資料，進行計畫執行前後的比較。
鳥類調查頻率為1年19次，候鳥過境期間1個月2次(3月至6月、9月至11月)與非過境期1個月1次(1月、2月、7月、8月、12月)。
調查時間根據潮汐安排，以可完整記錄到乾潮前後4小時為主，每小時進行1次記錄，共記錄8次。若遇天候因素干擾(颱風、暴雨等)將調整日期及時間。
調查方式以每小時定點掃視法進行記錄：鳥種、數量、棲地 (水域、泥灘、樹叢、人工物、空域、工域)、天氣狀況(漲退潮、風力、風向、雲量及雨勢)。
