以池沼、草澤、泥灘地等環境構成多樣的生態環境，是關渡保育目標物種的主要棲息地，因此是不對外開放的管制保護區，但您可以從自然中心透過高倍望遠鏡觀察。

位於公園南界與堤防間，分為東南及西南二處賞鳥廣場，裡面設有草坪廣場、步道及賞鳥牆。此外，亦可由堤防上飽覽保育核心區的風光以及外側關渡自然保留區的紅樹林生態。關渡自然保留區面積共55公頃，目前由臺北市建設局管理中。

包括園區東側的稻田區及水磨坑溪水域及溪岸。園區保留關渡傳統的稻田濕地，並且設有人工濕地來淨化水磨坑溪的溪水，以追求人為經營與自然生態共榮的目標。

為永續經營區內，需由解說員帶領進入，本區以自然的方式淨化水磨坑溪的農業污水，為濕地提供潔淨的水源，也保留了部分水田供農事體驗之用。學員可以在輔導員的引導下種植稻米、蓮藕、菱角、茭白筍等水生作物，重新建立密切的人地關係。