台北市野鳥學會自2001年12月起，在臺北市政府的委託下，創全國之先例，以自負盈虧的方式經營全臺灣的第一個濕地保護區—關渡自然公園。

經營近20年，共累積200多萬人次入園參觀、70多萬人次教育活動辦理、22萬人次的學校戶外教學活動、12萬人的親子營隊活動、1萬人次專業講習活動，以及萬場大小型環境教育活動辦理經驗，關渡自然公園管理處因此獲得許多的獎項，這些得獎都代表著臺灣社會對於自然保育、環境教育的支持與肯定。

2003年  榮獲行政院獎勵【民間團體參與公共建設之金擘獎特優】
2004年  「關渡希望之土計畫」榮獲頒福特保育暨環保獎【環境推廣教育佳作獎】
2005年  榮獲得福特保育暨環保獎【環境保育推廣類優選】
2005年  臺北市民眾票選榮獲【5到10歲兒童最愛去的臺北市景點】
2006年  天下雜誌評選榮獲【「Do One Thing Good for Taiwan 讓改變看得見：發現濕地，心無障礙-心濕地體驗特教引導師培訓」公益活動最佳執行成果獎】
2008年  『因長期致力於結合環保及綠色文化元素，應用推廣於文化藝術領域的卓越貢獻者』，榮獲臺北市政府【第十二屆臺北文化獎】之獎勵
2009年  遠見雜誌評選榮獲【全國百大最佳親子共遊景點】

2011年  經過評鑑榮獲全國第一所通過《環境教育法》認證之【環境教育設施場所】
2012年  榮獲臺北市【環境教育績優表揚獎團體組特優獎項】
2012年  獲得【國際宜居城市獎(LivCom Awards)個案獎銀質獎】
2013年  台北市野鳥學會獲得【第一屆國家環境教育獎團體組優等】(關渡自然公園為主要評鑑場域)
2013年  台北市野鳥學會獲得行政院【102年國家永續發展獎】，經營關渡自然公園成果以及維持濕地生態列為重要得獎優點，成為 NGO 與政府間之 OT可永續發展的典範
2014年  獲得聯合國濕地秘書處收錄為拉姆薩爾濕地中心的典範
2015年  獲得國家【環境教育設施場所】評鑑優異之肯定
2016年  順利取得環境教育法認證展延之【環境教育設施場所】
2019年  再次通過環境教育法認證評鑑之【環境教育設施場所】 
2019年  榮獲2019年臺北市觀光遊憩績優景點【優良自然生態獎】 與【最佳社區貢獻獎】 

2020年  順利取得觀光局穆斯林友善場域認證

2022年  關渡自然公園獲國際濕地網絡評選為「WLI星級濕地中心」